Acesta este un fapt uimitor care îl scoate în evidență față de mulți alți conducători contemporani cu el. Mulți dintre ceilalți conducători au menținut o părtinire religioasă strictă, dar acest lucru nu a fost adevărat pentru Ginghis Khan. El a acordat libertatea religioasă în toate teritoriile sale și, la nivel personal, se spune că Marele Han era foarte spiritual. El s-a rugat întotdeauna în cortul său înainte de campaniile importante și a avut întâlniri cu liderii diferitelor religii pentru a discuta interesul comun al regatelor și credințelor lor. Se credea că toleranța sa este motivată politic, deoarece credea că astfel va putea reduce riscul unei rebeliuni în teritoriile sale.