Genotipul musculiței de oțet, secvențiat în premieră de cercetători români. Procedura științifică are implicații importante

O echipă de cercetători și studenți români a secvențiat în premieră genotipul unei musculițe de oțet, un organism eucariot pluricelular.

Specialiști și studenți ai Departamentului de Genetică al Facultății de Biologie din cadrul Universității din București (UB) au realizat, integral în România, prima secvențiere a genotipului unui organism eucariot pluricelular (din aceasta categorie fac parte toate plantele si animalele). „Denumirea de genotip este mai potrivită pentru informația genetică a unui individ sau a unei populații locale decât termenul general, de genom, care ar trebui utilizat pentru specie”, afirmă autorii cercetării.

• Ce origine preistorică are cafeaua, una dintre cele mai consumate băuturi din lume?
• Criza climatică crește frecvența valurilor oceanice mortale, indică un studiu

Echipa laboratorului Drosophila a secvențiat genotipul (Whole Genome Sequencing) unei linii autohtone de Drosophila melanogaster (musculița de oțet), derivată din indivizi colectați din zona sub-montană Romanii de Sus – Horezu (Vâlcea) și stabilizată în cadrul laboratorului.

„Experiența practică dobândită în cadrul acestui proiect pilot va permite echipei laboratorului Drosophila din cadrul Facultății de Biologie a UB să abordeze numeroase aspecte teoretice și practice legate de genomica și genetica speciei D. melanogaster, dar și să ia în calcul secvențierea genotipurilor și genomurilor altor linii sau specii de interes, inclusiv Homo sapiens”, afirmă sursa citată.

De altfel, una dintre principalele activități de cercetare desfășurate în laboratorul Drosophila al Facultății de Biologie a UB este analiza bioinformatică a prezenței, frecvenței și distribuției elementelor genetice mobile, numite transpozoni, în genotipul liniei Horezu.

Interpretarea datelor, o mare provocare

Autorii acestei cercetări afirmă că interpretarea datelor de secvențiere „reprezintă o mare provocare în ceea ce privește complexitatea softwarelor de bioinformatică și puterea de calcul necesare pentru adnotarea structurală a transpozonilor de interes din genotipul liniei D. melanogaster-Horezu”.

Interpretarea datelor de secvențiere referitoare la linia românească de D. melanogaster a fost realizată în laboratorul Drosophila al Facultății de Biologie a UB, inclusiv cu ajutorul programului de bioinformatică Genome ARTIST (www.genomeartist.ro), dezvoltat tot în acest laborator.

Membrii echipei implicate în experimentul de secvențiere sunt lect. univ. dr. Rațiu C. Attila, doctorand Bologa M. Alexandru, masterand Ghiță C. Iulian, student Bălănescu V. Mihnea și conf. univ. dr. Alexandru Al. Ecovoiu.

Colecția de secvențe a fost depozitată în baza de date internațională National Center for Biotechnology Information (NCBI).