Un nou algoritm poate identifica genele asociate cancerului

Algoritmul oferă o înțelegere mai bună a mecanismelor genetice care se află în spatele dezvoltării tumorilor. Credit foto: Unsplash

Algoritmul oferă o înțelegere mai bună a mecanismelor genetice care se află în spatele dezvoltării tumorilor.

Un nou studiu, realizat de cercetători de la Universitatea din California (UCI), SUA , a aprofundat înțelegerea mecanismelor epigenetice în apariția tumorilor și a dezvăluit un repertoriu nedetectat anterior de gene care favorizează apariția cancerului.

Folosind un nou algoritm de predicție, numit DORGE (Discovery of Oncogenes and tumor suppressoR genes using Genetic and Epigenetic features), cercetătorii au reușit să identifice noi gene supresoare tumorale (TSG) și oncogene (OG), în special cele cu mutații rare, prin integrarea celei mai cuprinzătoare colecții de date genetice și epigenetice, notează Medicalxpress.

Cel mai avansat algoritm din domeniu

„Algoritmii bioinformatici existenți nu valorifică suficient caracteristicile epigenetice pentru a identifica genele care conduc la cancer, în ciuda faptului că se știe că modificările epigenetice sunt asociate cu genele care conduc la cancer”, a declarat autorul principal dr. Wei Li, profesor de bioinformatică la Departamentul de Chimie Biologică de la Școala de Medicină UCI.

„Algoritmul nostru de calcul integreaza date publice cu privire la alternanțele epigenetice si genetice, pentru a imbunatati predictia genelor care conduc la apariția cancerului”, adaugă cercetătorul.

Cancerul rezultă dintr-o acumulare de modificări genetice cheie care perturbă echilibrul dintre diviziunea celulară și apoptoză, o formă de moarte celulară programată. Genele cu mutații care afectează progresia cancerului sunt cunoscute sub numele de gene conducătoare și pot fi clasificate drept gene TSG și oncogene OG pe baza rolurilor lor în progresia cancerului.

Acest studiu a demonstrat modul în care genele responsabile de cancer, prezise de DORGE, includeau atât gene cunoscute, cât și noi gene, care nu au fost raportate în literatura actuală. În plus, cercetătorii au descoperit că noile gene dual-funcționale, pe care DORGE le-a prezis atât ca TSG-uri, cât și OG-uri, sunt extrem de îmbogățite în interacțiunea proteină-proteină (PPI) și rețelele medicament/compus-genă.

„Algoritmul nostru DORGE, a folosit cu succes datele publice pentru a descoperi modificările genetice și epigenetice care joacă roluri semnificative în activitatea genelor care duc la cazurile de cancer”, a explicat Li. „Aceste descoperiri ar putea fi esențiale în îmbunătățirea eforturilor de prevenire, diagnostic și tratament a cancerului în viitor”, concluzionează acesta.